Основным направлением в научной работе коллектива кафедры является изучение особенностей лечения заболеваний толстой кишки и анального канала у лиц старших возрастных групп.
За последние пять лет сотрудниками кафедры в различных специализированных медицинских журналах и сборниках опубликовано около 170 статей, при этом в зарубежных - 24. Сотрудниками кафедры участвовали в подготовке 69 национальных стандартов медицинской помощи пациентам колопроктологического профиля и опубликован ряд учебных пособий и монографий: «Клиническая оперативная колопроктология», «Основы колопроктологии» - первое и второе издание, первое и второе издания монографии «Геморрой». В 2012 году вышел в свет «Справочник по колопроктологии» под редакцией профессора Ю.А.Шелыгина и профессора Л.А.Благодарного. Сотрудники кафедры регулярно публикуют свои статьи и результаты научных разработок в научно-практическом медицинском журнале «Колопроктология», который входит в перечень рецензируемых журналов и изданий ВАК Министерства образования и науки РФ.
Сотрудники кафедры активно принимают участие в съездах, конференциях и симпозиумах по колопроктологии как у нас в стране, так и за рубежом.
Ежегодно ФГБУ «ГНЦ колопроктологии» МЗ РФ проводятся межрегиональные научно-практические конференции с международным участием, посвященные «Использованию лучевой диагностики при колопроктологических заболеваниях», «Современным тенденциям в лечении воспалительных заболеваний кишечника», «Органосберегающим операциям при раке прямой кишки», «Метастатическому колоректальному раку». В 2011 году в г.Белгороде состоялся 3-й съезд колопроктологов России.
В 2012 году в г.Ставрополе состоялась научно-практическая конференция «Медицинская реабилитация в колопроктологии» в рамках заседания профильной комиссии Экспертного совета в сфере здравоохранения Минздравсоцразвития России по специальности «Колопроктология».
В 2014 году состоялась Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Актуальные вопросы колопроктологии» в г. Смоленск.
В 2015 году был проведен Международный Объединенный Конгресс Общероссийской общественной организации "Ассоциация колопроктологов России" и первый ESCP/ECCO региональный мастер-класс по обсуждению вопросов лечения болезни Крона и язвенного колита в г. Москва.
В 2016 году состоялся Всероссийский Съезд колопроктологов с международным участием «Оперативная и консервативная колопроктология: современные технологии для высокого качества жизни пациентов» и Съезд Объединенного Каспийского и Байкальского форума по проблемам ВЗК» в г. Астрахань.
В 2017 году проведена Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Актуальные вопросы колопроктологии» в г. Воронеж.
Также представители кафедры принимают участие в ежегодных съездах Еропейской ассоциации колопроктологов (ESCP), в последние годы проходившие в Вене (Австрия), Белграде (Сербия), Барселоне (Испания), Дублине (Ирландия), Милане (Италия), Берлине (Германия); ежегодном съезде Европейского колоректального конгресса в Сент-Галлене (Швейцария).
