российская медицинская академия
непрерывного профессионального образования

Отдел предиктивных и прогностических биомаркеров

Главные направления научной деятельности

1. Выявление генетических детерминант фармакокитетики и фармакодинамики жизненно важных лекарственных препаратов, а также фармакогеномных, фармакотранскриптомных (включая плазменные микро-РНК), фармакопротеомных и фармакометаболомных биомаркеров эффективности и безопасности применения жизненно важных лекарственных препаратов

2. Персонализация фармакотерапии социально значимых заболеваний (особенно сердечно-сосудистых и онкологических) на основе фармакогенетического тестирования, фармакотранскриптомного, фармакопротеомного, фармакометаболомного профилей.

3. Поиск новых перспективных фармакотранскриптомных маркеров (некодирующие РНК, в том числе микроРНК) для персонализированного определения наследственной предрасположенности к заболеваниям и прогнозирования индивидуальной чувствительности к фармакологическим препаратам,

4. Исследование роли микроРНК в развитии заболеваний.

5. Проведение тестов на однонуклеотидные полиморфизмы геномной ДНК (англ. Single Nucleotide Polymorphism SNP),позволяющее определить наследственную предрасположенность к различным мультифакторным заболеваниям, а также прогнозировать индивидуальную чувствительность к фармакологическим препаратам.

6. Поиск, разработка геномных, протеомных и метаболомных технологий и поиск маркеров для диагностики моногенных, полигенных и мультифакторных заболеваний.

7. Анализ и сравнение целых паттернов экспрессирующихся генов как новый уровень диагностики и новый шаг в направлении персонализированной медицины.

8. Создание диагностических панелей, включающих фармакотранскриптомные маркеры, в том числе микроРНК, которые позволят прогнозировать ответ на фармакологические препараты и их дозировку и, таким образом, подобрать оптимальную терапию

9. Участие в создании Национального биобанка ДНК пациентов с серьезными неблагоприятными побочными реакциями при применении жизненно важных лекарственных препаратов у пациентов с социально значимыми заболеваниями.

Государственные Задания, Гранты

Перечень тематик, выполняемых в рамках государственного задания на осуществление научных исследований и разработок на 2018 год и плановый период 2019 и 2020 годов, соответствует следующим научным платформам, указанным в «Стратегии развития медицинской науки в Российской Федерации на период до 2025 года» (Приказ Минздрава России от 30 апреля 2013 г. № 281 «Об утверждении научных платформ медицинской науки» (в ред. от 22 мая 2017 г. № 245):

1. Научная платформа "Инновационные фундаментальные технологии в медицине"

2. Научная платформа медицинской науки "Фармакология"

3. Научная платформа медицинской науки "Онкология"

4. Научная платформа "Кардиология и ангиология"

5. Научная платформа медицинской науки "Психиатрия и зависимости"

6. Тема Государственного Задания №1 на 2018-2020 г.г.: «Оптимизация применения жизненно необходимых и важнейших лекарственных средств на основе клинико-фармакологических технологий персонализированной медицины (генетика, фармакогенетика и фармакокинетика) у пациентов с коморбидной патологией различных возрастных групп» (Руководитель: член-корреспондент РАН, заслуженный деятель науки Д.А. Сычев)

7. Тема Государственного Задания №2 на 2018-2020 г.г.: «Мультидисциплинарный подход как основа индивидуализации лечения злокачественных опухолей» (Руководитель: академик РАН И.В. Поддубная)

8. Грант РНФ на 2019-2020 г.г. №16-15-00227: «Профилактика ятрогенных лекарственных поражений внутренних органов: фармакокинетические и фармакогенетические подходы». Руководитель проекта – член-корр. РАН, заслуженный деятель науки, профессор Д.А. Сычев.

9. Грант РНФ на 2019-2020 г.г. № 18-75-00046: «Разработка персонализированного подхода к назначению антипсихотиков у подростков с психотическим эпизодом на основе фармакогенетического тестированияя и фенотипирования системы цитохрома Р-450». Руководитель проекта – к.м.н., Иващенко Д.В.

10. Грант РНФ на 2019-2021 г.г. № 18-75-10073: "Персонализированная фармакотерапия антидепрессантами пациентов с депрессивными расстройствами, коморбидными с алкоголизмом, на основе фармакогенетических, фармакометаболомных и фармакотранскриптомных биомаркерах". Руководитель проекта – к.м.н., Застрожин М.С.

11. Грант РНФ 2019-2020 г.г. № 18-75-00112: «Генетические детерминанты чувствительности к лекарственным средствам укоренных народов Северного Кавказа, Республики Крым, Поволжья и Сибири». Руководитель проекта – к.м.н., Мирзаев К.Б.

12. Грант РФФИ на 2019-2020 г.г. № 18-315-00005: «Полиморфизм генов системы цитохрома Р450 и неблагоприятные побочные реакции бромдигидрохлорфенилбензодиазепина: новые биомаркеры, гаплотипический и комбинаторный анализ». Руководитель проекта – к.м.н., Иващенко Д.В.

13. Грант РФФИ на 2019-2021 г.г. № 19-29-01132: «Разработка комплексной системы управления рисками внутрибольничных осложнений на основе алгоритмов поддержки принятия клинических и управленческих решений». Руководитель проекта – д.м.н., профессор Клейменова Е.Б.

14. Грант Президента Российской Федерации для государственной поддержки молодых российских ученых – кандидатов наук на 2018-2019 г.г. № МК-2617.2018.7: «Персонализация применения антиагрегантов у больных с острым коронарным синдромом на основе фармакотранскриптомных (microRNA), фармакогенетических и фармакометаболомных исследований системы биотрансформации и транспортеров лекарственных средств». Руководитель проекта – к.м.н., Мирзаев К.Б.

15. Грант Президента Российской Федерации для государственной поддержки молодых российских ученых – кандидатов наук на 2018-2019 г.г. № МК-2460.2018.7: «Персонализированная фармакотерапия транквилизаторами пациентов с тревожными расстройствами, коморбидными с алкоголизмом, на основе фармакогенетических, фармакокинетических и фармакометаболомных биомаркеров». Руководитель проекта – к.м.н., Застрожин М.С.

16. Грант Президента для научных школ НШ-2698.2020.7 «Фармакогенетический подход к персонализации послеоперационного обезболивания» (Руководитель-Сычев Д.А.)

Сотрудничество

Отдел работает совместно с клиническими базами и кафедрами ФГБОУ ДПО РМАНПО Минздрава России, совместно со специалистами Первого Московского Государственного Медицинского Университета имени И.М. Сеченова, Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова, ФГБНУ НИИ общей патологии и патофизиологии, других медицинских учреждений и научно-исследовательских институтов не только в России, но и за рубежом.

Наши возможности

Лаборатории отдела молекулярной медицины оснащены современным аналитическим оборудованием, позволяющим проводить широкий спектр исследований в области био-аналитики на высшем уровне. Коллектив отдела владеет современными технологиями молекулярной диагностики, базирующимися на генных, геномных, протеомных и метаболомных подходах. Все работы ведутся под руководством специалистов, сертифицированных по различным методам лабораторной диагностики. Все лаборатории отдела успешно прошли ряд аудитов и получили лицензию № ФС-77-01-007180 от 28 декабря 2015 г.

Современное техническое оснащение и высокая квалификация персонала позволяют обеспечить оперативную обработку большого количества образцов при соблюдении всех стандартов и требований качества. Отдел молекулярной медицины претендует на внедрение наивысших стандартов качества для всех используемых в НИИ МПМ технологий.

Профессиональные навыки и высокий уровень технологической дисциплины, которые приобрел персонал отдела молекулярной медицины, и внедрение самых строгих протоколов делают отдел одной из наиболее передовых лабораторий для выполнения исследовательских работ в соответствии с «золотыми стандартами» и существенно повышают надежность полученных результатов, и, соответственно, увеличивают доверие к исследованиям НИИ МПМ ФГБОУ ДПО РМАНПО Минздрава России.

Выполнение исследований в соответствии с международными стандартами качества позволяет публиковать результаты работы коллектива в высокорейтинговых научных изданиях, а также открывает широкие перспективы сотрудничества с наиболее передовыми научно-исследовательскими центрами мира. Такое сотрудничество обогатит НИИ МПМ бесценным опытом и откроет широкие перспективы для участия в международных проектах. Навыки владения передовыми технологиями, базирующееся на глубоком понимании основ данных методов, а также приобретенные в ходе такого освоения теоретические знания, позволяют сотрудникам отдела молекулярной медицины усовершенствовать существующие и разрабатывать новые технологии.

Контролю за качеством уделяется особое внимание: все помещения и лаборатории, все циклы и технологические цепочки выстроены с учетом утвержденных в России ГОСТов, а в отсутствие таковых (из-за новшества технологии) в соответствии с наиболее строгими рекомендациями к данной технологии, выработанными международным научным сообществом. Внедряется в практику постоянный мониторинг за обновлениями и усовершенствованиями используемых технологий.

Методы и оборудование

Двумерный (2D) электрофорез – аналитический метод, позволяющий проводить одновременное разделение нескольких тысяч белков присутствующих в клеточных и тканевых экстрактах. Данный метод широко применяется в протеомных исследованиях, где необходимо сравнить качественные и количественные изменения в белковом составе. Наличие камеры для вертикального электрофореза (Mini-PROTEAN Tetra Cell, Bio Rad), системы изоэлектрофокусирования (PROTEAN i12 IEF System, Bio Rad) и гельдокументирующих систем (Fusion FX и Fusion SL, Vilber Lourmat) позволяют проводить данный вид анализа.

Вестерн-блоттинг – аналитический метод, позволяющий детектировать специфические белки в экстрактах и гомогенатах. Для исследования индивидуальных белков на первом этапе проводится их разделение в ПААГ, а затем осуществляется перенос на нитроцеллюлозную или PVDF-мембрану. Данный процесс осуществляется с помощью системы электроблоттинга (Trans-Blot Turbo Blotting System, Bio Rad).

Проточная цитометрия технология одновременного мульти- параметрического анализа индивидуальных характеристик клеток по сигналам светорассеяния и флуоресценции. Широко применяется для иммунофенотипирования, определения пролиферативной активности, оценки экспрессии поверхностных антигенов и внутриклеточных белков. Данная технология реализуется с использованием цитофлуориметра проточного BD Accuri C6.

Спектро-фотометрия. Измерение концентрации и чистоты ДНК/РНК/белка необходимо для широкого круга биохимических и молекулярно-биологических приложений и осуществляется с использованием спектрофотометра NanoDrop 2000, Thermo Scientific, Финляндия.

Иммуноферментный анализ (ELISA) – аналитический метод качественного и количественного определения различных соединений, в основе которого лежит реакция взаимодействия антиген-антитело. Осуществляется с использованием устройства промывания микропланшет Wellwash, Thermo Scientific и микропланшетного спектрофотометра Multiskan GO, Thermo Scientific.

Флуоресцентная спектрофотометрия – метод анализа, основанный на измерении флуоресцентного сигнала. Метод используется для идентификации соединений, изучения кинетики ферментативных процессов, структуры белков, реализуется в таких подходах как флуоресцентная поляризация и метод резонансного переноса энергии флуоресценции (FRET).

ПЦР в реальном времени – технология ферментативной наработки определенных двуцепочечных фрагментов ДНК, процесс амплификации которых регистрируется в режиме реального времени. Широко используется для определения уровня представленности транскриптов, генотипирования, определения однонуклеотидных полиморфизмов. Осуществляется с использованием амплификаторов CFX96 Touch, Bio Rad и ДТ-Лайт, ДНК-Технология.

Научные работы коллектива (2018-2020)

1. Zastrozhin M.S., Skryabin V.Yu., Smirnov V.V., Petukhov A.E., Pankratenko E.P., Zastrozhina A.K., Grishina E.A., Ryzhikova K.A., Bure I.V., Golovinskii P.A., Koporov S.G., Bryun E.A., Sychev D.A. Effects of plasma concentration of micro-rna mir-27b and CYP3A4*22 on equilibrium concentration of alprazolam in patients with anxiety disorders comorbid with alcohol use disorder. Gene. 2020. Т. 739. С. 144513.

2. Скрябин В.Ю., Застрожин М.С., Гришина Е.А., Рыжикова К.А., Шипицын В.В., Вдовин А.С., Сапаров А.Т., Галактионова Т.Е., Юсупов А.А., Бойко Ю.В., Дюжев Д.В., Сорокин А.С., Брюн Е.А., Сычев Д.А. Влияние полиморфизма CYP2C19*2 на эффективность и безопасность диазепама у пациентов с синдромом отмены алкоголя. Наркология. 2020. Т. 19. №1. С. 37-44".

3. Черникова Н.А., Камынина Л.Л., Аметов А.С., Сычев Д.А., Гришина Е.А. Gолиморфизм генов системы цитохрома CYP2C9*2 и CYP2C9*3 как предиктор развития гипогликемии и кардиоваскулярных осложнений у пациентов с сахарным диабетом 2 типа, принимающих препараты сульфонилмочевины. В книге: Сахарный диабет, его осложнения и хирургические инфекции Сборник тезисов III Всероссийской конференции с международным участием. 2019. С. 66.

4. Sychev D.A., Abdullaev S.P., Mirzaev K.B., Ryzhikova K.A., Shuyev G.N., Sozaeva Z.A., Grishina E.A., Asoskova A.V., Mumladze R.B., Mammaev S.N., Gafurov D.M., Kitaeva E.Y., Shprakh V.V., Suleymanov S.S., Bolieva L.Z., Sozaeva M.S.H., Zhuchkova S.M., Gimaldinova N.E., Sidukova E.E.Genetic determinants of dabigatran safety (CES1 gene rs2244613" polymorphism) in the Russian population: multi-ethnic analysis. Molecular Biology Reports. 2019. Т. 46. №3". С. 2761-2769.

5. Kamzolova A., Grishina E.A., Khomenets N.G.Changes in the agro-industrial complex in Kazakhstan. В сборнике: Инновационные процессы в сельском хозяйстве : сборникстатейХI Международной научно-практической конференции collection papers of the XI international scientific and practical conference. 2019. С. 186-187.

6. Сосин Д.Н., Иващенко Д.В., Отмахов А.П., Янушко М.Г., Гришина Е.А., Сычев Д.А., Иванов М.В.Ассоциации полиморфных вариантов генов DRD2, DRD3, HTR2A, BDNF с нарушением когнитивных функций у пациентов с терапевтически резистентной шизофренией. Психиатрия и психофармакотерапия. 2019. Т. 21. №1. С. 4"-10.

7. Иващенко Д.В., Смирнов В.В., Рыжикова К.А., Созаева Ж.А., Гришина Е.А., Застрожин М.С., Агузаров А.Д., Савченко Л.М., Брюн Е.А., Сычев Д.А.Lинамика активности изоферментов семейства CYP3A при курсовом применении феназепама: влияние полиморфного маркера CYP3A5*3. Экспериментальная и клиническая фармакология. 2019. Т. 82. №10. С. 30-35.

8. Dorofeeva M.N., Sizova Z.M., Shikh E.V., Tarasenko A.V., Denisenko N.P., Ryzhikova K.A., Sozaeva Z.A., Grishina E.A., Sychev D.A., Smirnov V.V.Antihypertensive effect of amlodipine in co-administration with omeprazole in patients with hypertension and acid-related disorders: cytochrome p450-associated aspects. Pharmacogenomics and Personalized Medicine. 2019. Т. 12. С. 329-339.

9. Хоанг С.З., Иващенко Д.В., Буромская Н.И., Шиманов П.В., Юдина И.Ю., Лычагин А.В., Морозова Т.Е., Дейч Р.В., Рыжикова К.А., Гришина Е.А., Шевченко Ю.С., Сычёв Д.А.Влияние полиморфных вариантов DRD2 rs1800497 и HTR2A rs6313 на параметры эффективности антипсихотиков у подростков с острым психотическим эпизодом. Фармакогенетика и фармакогеномика. 2019. №2. С. 34".

10. Чеботарева А.Д., Левин О.С., Марков Д.Д., Сычев Д.А., Гришина Е.А. Возможна ли персонализированная терапия деменции на основе полиморфизма гена CYP2D6?Журнал неврологии и психиатрии им. C.C. Корсакова. 2018. Т. 118. №6-2. С. 90-94.

Выполняемые диссертационные работы

1. Абдуллаев Ш.П. «Фармакогенетическое тестирование для персонализации применения ингибитора IIа фактора дабигатрана этексилата: этнические и клинико-экономические аспекты». 

Диссертация защищена 24.12.2020 г. на заседании диссертационного совета Д 208.008.02 при ФГБОУ ВЛ «Волгоградский государственный медицинский университет» Минздрава России на соискание степени кандидата биологических наук по специальности 14.03.06 Фармакология, клиническая фармакология.

2. Акмалова (Рыжикова) К.А. «Прогнозирование антиагрегантного действия клопидогрела на основе фармакогенетического тестирования по CYP2C19*17 при остром коронарном синдроме: клинические и этнические аспекты».